Danganronpa The Animation (สปอยภาคแรก) เพื่อรับมือกับความสิ้นหวังที่กำลังจะทำลายโลก ได้มีการจัดตั้งองค์กรแห่งอนาคตขึ้น อย่างไรก็ตาม นาเอกิ มาโคโตะ หนึ่งในผู้รอดชีวิต กลับถูกสงสัยจากองค์กรเพราะท่าทีของเขาที่อาจเป็นพวกเดียวกับกลุ่มความสิ้นหวัง ในการพบกันของสมาชิกกลุ่ม กลับถูกโมโนคุมะเข้าขัดขวางและให้พวกเขาต้องมาฆ่ากันเอง ก่อนที่สวมข้อมือจะปล่อยยากล่อมประสาทและเปิดโอกาสให้คนทรยศฆ่าคนที่เหลือทั้งหมด แต่ครั้งนี้ต่างจากครั้งก่อน ไม่มีการไต่สวนและพิพากษาแบบในภาคแรก ต้องหาตัวคนร้ายตัวจริงที่ถูกส่งและลงมือฆ่าเท่านั้น เกมมรณะได้เริ่มต้นอีกครั้ง